חובת ניהול פנקסי חשבונות על פי הוראות פקודת מס הכנסה חובה על כל בעל עסק ומשלח יד לנהל פנקסי חשבונות, מיד עם תחילת פעילות העסק, לפי הכללים וההוראות שקבע נציב מס הכנסה ובהתאם לסוג העסק או משלח היד.

בעל עסק חייב לרשום כל תקבול בספרים (כמו: מזומן, שיק דחוי, מקדמה על חשבון, כרטיס אשראי) – מיד עם קבלתו. במקרים מסוימים, כפי שהוגדרו בתקנות מס הכנסה, כגון השכרת דירה למגורים או קבלת ריבית מהבנק, אין חובה לנהל פנקסים, אך יש חובה לדווח על כך בסוף השנה עם הגשת הדו"ח השנתי.

עוסק פטור במע"מ אינו פטור מחובת ניהול פנקסים למס הכנסה, אלא אם קיבל פטור או הקלה בכתב מפקיד השומה. אם בעל עסק אינו יכול לנהל את הפנקסים שנקבעו בהוראות, ניתן להגיש לפקיד השומה בקשה מנומקת להקלה בניהול הפנקסים. את כל פנקסי החשבונות, הרישומים, הניירת והאסמכתאות המגבות את ניהול הספרים בעסק, יש לשמור למשך שבע שנים. אם בעל עסק אינו יכול לנהל את הפנקסים שנקבעו בהוראות, ניתן להגיש לפקיד השומה בקשה מנומקת להקלה בניהול הפנקסים.

מומלץ להתייעץ עם איש מקצוע לקבלת הסברים לגבי הדרישות החלות על העסק, שכן, הוראות מס הכנסה שונות מעסק לעסק.

שיטות לניהול ספרים ניתן לבצע את הנהלת החשבונות באופן עצמאי או לשכור שירותי מנהל חשבונ​ות. מנהל החשבונות מכין את הדיווחים החודשיים או הדו- חודשיים לרשויות ומחשב את גובה התשלומים שעל העסק לשלם למע"מ, למס הכנסה ולביטוח לאומי. במקרה בו מגיע לעסק החז​ר מע"מ, מכין מנהל החשבונות דו"ח להחזר. לפרטים נוספים ניתן לעיין במדריך המע"מ של רשות המיסים​. הנהלת חשבונות ממוחשבת קיימות תוכנות להנהלת חשבונות. התוכנה חייבת להיות רשומה במס הכנסה.

בנוסף, ניתן לעיין במדריך לפתיחת עסק בפורטל השירותים והמידע הממשלתי.
או לצפות בסרטון הדרכה שהכנו לכם "מה לצפות מהנהלת חשבונות?​"