חסרונות לזכיין

הגבלת עצמאותו של הזכיין. הוא חייב לפעול על פי נהלי הרשת מבלי לשנותם. זכיין יכול אומנם להציע הצעות לשיפור, אך החברה המזכה היא הבלעדית בקבלת החלטות על שינויים במערכת.   בידי החברה המזכה נותרת שליטה מוחלטת על תמהיל המוצרים ו/או השירותים המוצעים, על מחירי הקניה והמכירה ועל הוצאות נוספות של הזכיין.   לפעמים ייתכנו מצבים של ניגוד עניינים בין זכיין לחברה המזכה. הזכיין מעוניין, במצבים אלה, להגן על האינטרסים האישים שלו בעוד שהחברה המזכה מעונינת לקדם את האינטרסים של כל הרשת. קונפליקט זה עלול לקרות כאשר מנהלי הרשת חוששים שמא זכיין זה או אחר מעכב אותה או לא עונה על דרישותיה.   עמדת המיקוח של הזכיין נחותה, בדרך כלל, מול הרשת.   דמי זיכיון גבוהים, האמורים לשמש תמורה עבור מוניטין הרשת, נחשבים, לעיתים, כגבוהים מדי בעיני הזכיין.   על הזכיין להשלים עם מצב בו קיימת, באופן קבוע, השתתפות החברה המזכה ברווחי הזכיין בצורת תשלומי תמלוגים..   חובת הזכיין לרכוש מוצרים ו/או שירותים אך ורק מן החברה המזכה, או מספקים מורשים בלבד, מהווה מגבלה.   שליטה מוגבלת, אם בכלל, של הזכיין על אופן השימוש בדמי ההשתתפות בקרן הפרסום, שהוא אחד הנושאים במימונה.   תיפקודם הלקוי של זכיינים בודדים וחלשים ברשת עלול להסב נזק למוניטין של זכיינים אחרים הפועלים במסגרת הרשת.   קושי בביטול הסכם הזיכיון וההוצאות הכרוכות בכך.