נדרשת השקעה ראשונית ניכרת מצד החברה המזכה בעת תהליך הכניסה או ההסבה שלה מפעילות רגילה לפעולה בשיטת הזכיינות. מאמץ זה כרוך בהשקעה בתחומים כמו פיתוח מערכת עסקית זכיינית, בניית "חנות הדגל", הרכבת חבילת הזיכיון, הכנת מסמכים משפטיים, גיוס מומחים בתחום, גיוס זכיינים ועוד.
	קשיים ולעיתים עלויות גבוהות בקשר לביטול הסכם הזיכיון והעברת סניף לידי זכיין אחר.
	שליטה מוגבלת על המתרחש בסניפים.
	תיפקודם הלקוי של זכיינים בודדים עלול להסב נזק למוניטין של כל הרשת.
	תשלום חסר ותשלום באיחור מצד זכיינים לגבי תמלוגים ותשלומים לקרן הפרסום הארצית. תשלומים אלו מחושבים כאחוז מסוים ממחזור המכירות. לעיתים זכיין עלול לנסות ולהסתיר את היקף המכירות בפועל כדי להקטין תשלומים לחברה המזכה.
	קשיים בשמירה על הקניין האינטלקטואלי של החברה המזכה. פעילותה העסקית של כל רשת מזכה מתבססת על כללים, ידע ושיטות עבודה המהווים סוד מסחרי ועליהם מתבססת הצלחת המערכת הזכיינית. למרות שהסכם הזכיינות אוסר על הזכיינים להעביר לאחרים את המידע שקיבלו, או להשתמש בו מחוץ למסגרת הרשת, דברים אלו קורים וקשה מאוד להתמודד עמם.
	נזקים הנובעים מפרישת זכיינים מצליחים. זכיין יכול להגיע להחלטה להתנתק מן הרשת, מפני שהסכם הזיכיון מגביל אותו, וגם תשלומי התמלוגים אינם מוצדקים בעיניו. פתיחה עסק מתחרה על ידו עלולה גם לפגוע ברשת, במיוחד באותו אזור.

כדי להימנע מהצורך להתמודד עם בעיות אלה, החברות המזכות מקדישות תשומת לב
מיוחדת לשני תחומים: גיוס בררני של הזכיינים ועריכת הסכם קפדני לגבי תנאי הזיכיון.